24 марта 1987 года: На основании приказа МВД СССР сформирован Зональный военный госпиталь внутренних войск МВД СССР и включен в состав управления внутренних войск МВД СССР по Уралу.

30 декабря 1987 года: Военный госпиталь принят в эксплуатацию государственной приемной комиссией. 

15 марта 1988 года: Поступили на лечение первые больные. Штат Зонального военного госпиталя внутренних войск состоял из 17 отделений и управления с ротой материального обеспечения.

1991 год: В штат госпиталя введено отделение неотложной помощи.

23 марта 1993 года: Зональный военный госпиталь управления внутренних войск по Уралу переименован в Окружной военный госпиталь внутренних войск МВД России.

19 июня 1997 года: На основании приказа МВД СССР чего было исключено операционно – анестезиологическое отделение в полном составе, введено операционное отделение и реанимационное отделение, патологоанатомическая лаборатория сокращена в полном составе, введен кабинет компьютерной томографии.

2008 год: Введено реабилитационно-восстановительное отделение.

2009 год: Сокращено реабилитационно-восстановительное отделение в полном составе и введено гинекологическое отделение и группа централизованной службы наркотиков.

7 ноября 2011 года: В соответствии с приказом МВД России  Военный госпиталь внутренних войск МВД России переименован в 5 военный клинический госпиталь внутренних войск МВД России.

18 июля 2016 года: В соответствии с приказом Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации 5 военный клинический госпиталь внутренних войск МВД России переименован в 5 военный клинический госпиталь войск национальной гвардии Российской Федерации.